Raide-Jokerin linjausta on tutkittu 1990-luvulta alkaen. Linjauksesta päätettäessä etsittiin kompromissi matkustajamäärien ja matka-ajan välillä. Tavoitteena oli saada linjalle mahdollisimman paljon matkustajia niin, että matka-aika pysyy mahdollisimman lyhyenä.
Linjaus on pääosin lyöty lukkoon alustavassa yleissuunnitelmassa (2009). Espoon osuuden linjaus on kuitenkin muuttunut alustavasta yleissuunnitelmasta, jossa reitti tosin kulki Laajalahden kautta Tapiolaan. Vuoden 2013 aikana selvitettiin Otaniemen toimijoiden aloitteesta linjauksen muuttamista Tapiolasta Otaniemeen. Selvityksen perusteella Espoon kaupunginhallitus päätti 10.2.2014, että hankesuunnittelua jatketaan Leppävaarasta Otaniemeen/Keilaniemeen kulkevan ratalinjauksen pohjalta. Linjauksella saatiin Espoossa enemmän matkustajia ilman, että matka-aika muuttui pidemmäksi.
Lopullisen linjauksen mukainen hankesuunnitelma valmistui vuonna 2015. Raide-Jokeri-allianssissa tehtävä radan suunnittelu ja rakentaminen noudattaa hankesuunnitelman linjausta, eikä sitä enää muuteta.