Linja sivuaa Espoossa Laajalahden luonnonsuojelualuetta ja Helsingissä Vanhankaupunginlahden luonnonsuojelualuetta. Hanketta suunniteltaessa on käyty tiivistä vuoropuhelua ympäristöviranomaisten (mm. Ympäristöministeriö) kanssa sekä tehty Natura-arvio ja kaksi Natura-tarvearviota hankkeesta. Kaavoituksen yhteydessä on saatu viranomaislausunnot, joissa todetaan, että Raide-Jokeri ei heikennä Laajalahden Natura-alueen suojeluarvoja. Vanhojen metsien suojelualueesta on käyty kolmiportainen arviointimenettely viranomaisten kanssa.
Raide-Jokeri-allianssin kehitysvaiheessa vuoropuhelua ympäristöviranomaisten kanssa on jatkettu ja alueille on tehty luontoselvityksiä. Rakentamisen aikana mm. liito-oravien kulkuyhteydet pyritään säilyttämään.