Raide-Jokerin toteuttamisen viimeiset poliittiset päätökset venyivät keväällä hyvin lähelle varsinaista rakentamisen aloitusajankohtaa, eikä kaikkia rakentamista valmistelevia puunkaatoja pystytty toteuttamaan alkukevään aikana. Puunkaadot tehdään lintujen pesimäajan ulkopuolella aina kun se on mahdollista, mutta jonkin verran puustoa on pakko kaataa jo kesäkuussa, jotta hankkeen valmistuminen aikataulussa on mahdollista.
Puunkaatoja tehdään kesäkuussa Roihupellon Varikkotien molemmin puolin. Mustapuron taimenkannan turvaamiseksi vesistötyöt alueella on tehtävä ennen syyskuun puoliväliä, jottei kutuaikaa häiritä. Vesistötöitä ei päästä aloittamaan ennen kuin alueelta on kaadettu jonkin verran puita.
Kaikki kaadettavat puut katselmoidaan kaupunkien ympäristöasiantuntijoiden kanssa. Mikäli kaadettaviksi suunnitelluissa puissa havaitaan pesiviä lintuja, ei kyseisiä puita kaadeta. Vain pikaraitiotien rakentamisen kannalta välttämättömät puut kaadetaan. Varikkotien puunkaatojen lisäksi kaadetaan jonkin verran istutettuja katupuita katualueilta linjauksen varrelta.